南大東島は、沖縄本島（那覇）から東へ約360km、の太平洋上に位置しています。
島全体が隆起環礁でできており、断崖絶壁に囲まれた島です。
内陸は見渡す限りサトウキビ畑が一面に広がり、島の中央部は湿地帯で大小50余りのカルスト湖沼が点在。
国指定の天然記念物・ダイトウオオコウモリなど、その特異な自然環境によって育まれた固有の動植物が数多く生息しています。